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Cet article présente DDGeoSSE, un modèle de diversification phylogénétique génératif basé sur l'apprentissage profond qui permet d'estimer comment la richesse spécifique locale module les taux de spéciation, d'extinction et de dispersion, révélant ainsi l'importance de la diversité dans la dynamique évolutive des lézards *Anolis* des Caraïbes et des plantes *Viburnum*.
Cette étude démontre que la duplication du génome entier spécifique aux téléostéens a généré une redondance fonctionnelle prolongée des gènes olfactifs, favorisant une diversification moléculaire à long terme contrainte par l'équilibre des doses géniques.
Cette étude présente une méthode de paléoprotéomique ciblée à haut débit utilisant la spectrométrie de masse MALDI-CASI-FTICR pour estimer le sexe biologique d'individus médiévaux de la Grande-Moravie avec une efficacité et une précision supérieures aux techniques morphologiques traditionnelles.
En analysant 33 trios parent-enfant chez la chouette effraie, cette étude démontre que le taux de mutations *de novo* est de 5,6 x 10⁻⁹, que les pères transmettent deux fois plus de mutations que les mères, et que le nombre de mutations augmente avec l'âge paternel, fournissant ainsi la première preuve directe de la sénescence germinale chez les oiseaux.
Cette étude démontre que la sélection dépendante de la fréquence négative maintient la diversité génétique des rhizobiums en favorisant les souches de haute qualité lorsqu'elles sont rares, un mécanisme clé pour la persistance et la résilience de ce mutualisme face aux changements environnementaux.
Cette étude démontre que, pour inférer le temps de fixation d'une sélection positive dans des données génétiques d'une seule population, les statistiques de résumé approximatives sont aussi performantes que les réseaux de neurones convolutifs, suggérant qu'il ne reste que peu de signaux non découverts dans ce type de données.
Cette étude propose un cadre théorique à deux échelles de temps démontrant que les éléments rétrotranscripteurs générateurs de diversité (DGR) confèrent un avantage évolutif aux bactéries et aux phages dans des environnements changeants en optimisant la diversification rapide des protéines de liaison par rapport aux mécanismes de mutagenèse standard.
En intégrant des données génétiques étendues et des modèles tenant compte de l'histoire démographique, cette étude remet en cause l'hypothèse selon laquelle l'agriculture a été le principal moteur de l'évolution du nombre de copies du gène AMY1 chez l'homme, suggérant plutôt que les variations observées s'expliquent principalement par l'histoire démographique et les liens de parenté partagés.
Cette étude révèle que la résistance aux stress extrêmes chez la levure *Kluyveromyces marxianus* résulte de millions d'années d'évolution ayant façonné des adaptations spécifiques dans le métabolisme lipidique et les transporteurs membranaires, offrant ainsi un modèle pour comprendre comment l'évolution optimise la fitness cellulaire dans des environnements hostiles.
En réanalysant 29 réseaux mycorhiziens, cette étude démontre que l'absence de congruence phylogénétique, malgré la présence d'un signal cophylogénétique, invalide l'hypothèse de la codiversification stricte entre plantes et champignons mycorhiziens en faveur d'une coévolution diffuse régie par l'appariement de traits conservés.
Cette étude démontre que les goulots d'étranglement fonctionnels dans les paysages de fitness des protéines peuvent émerger d'un modèle d'épistasie globale simple basé sur un trait additif, sans nécessiter de réseaux d'interactions complexes, pourvu qu'il existe un équilibre approprié entre mutations neutres et non neutres.
Cette étude présente un modèle analytique généralisable qui prédit avec précision l'accumulation de points de jonction d'ascendance dans les génomes de populations admixtes en fonction des taux de recombinaison et de la démographie, validé par des simulations et des données empiriques sur les Afro-Américains.
En intégrant des analyses comparatives de séquences, de l'accessibilité chromatinienne et de l'expression génique chez l'arachide polyploïde et ses progéniteurs diploïdes, cette étude élucide les trajectoires évolutives des régions chromatinennes accessibles, révélant à la fois une stabilité réglementaire majoritaire et l'émergence de nouveaux éléments régulateurs qui façonnent les biais d'expression des homéologues.
Cette étude identifie pour la première fois neuf inversions chromosomiques putatives chez l'oursin pourpre (*Strongylocentrotus purpuratus*), dont trois présentent des signatures de sélection locale, démontrant ainsi le rôle fondamental des variants structuraux dans l'adaptation de cette espèce marine à des environnements diversifiés malgré un fort flux génique.
Cette étude de 47 ans sur une population de mésanges charbonnières révèle que le déclin à long terme de leur masse corporelle adulte est principalement dû à des effets portés par l'environnement précoce, en particulier l'intensité de la compétition intra- et interspécifique, plutôt qu'aux changements de température ou de disponibilité alimentaire.
Cette étude révèle que l'éponge d'eau douce *Spongilla lacustris* utilise un système de signalisation monoaminergique ancestral, impliquant des décarboxylases et des transporteurs vésiculaires, pour coordonner la contraction de ses canaux aquatiques via la tryptamine, démontrant ainsi l'existence d'un mécanisme de communication cellulaire précurseur des neurones.
Cet article présente TriMouNet, un nouvel algorithme qui infère des réseaux phylogénétiques de niveau 1 à partir de la distribution des arbres de gènes multi-loci pour identifier avec précision les réticulations évolutives tout en minimisant les faux positifs, surpassant ainsi les méthodes traditionnelles comme TriLoNet appliquées aux données concaténées.
Cette étude démontre que la sélection favorise l'autofécondation conditionnelle, où les individus en bonne condition s'autofécondent tandis que ceux en mauvaise condition s'hybrident, générant ainsi une variation intra-populationnelle des taux d'autofécondation qui contribue au maintien de la diversité des systèmes d'accouplement et de la reproduction mixte.
Cette étude révèle que les différences transcriptomiques dans le cerveau et les tissus sensoriels entre les sous-espèces de *Heliconius melpomene* sous-tendent la variation naturelle de l'apprentissage de la préférence d'accouplement, suggérant que la sélection sur ces gènes pourrait favoriser l'isolement reproductif et la spéciation.
Cette étude démontre que chez les vervets sauvages, les différences de trajectoires de vie entre les sexes ne résultent pas d'une allocation biaisée à la naissance, mais plutôt d'investissements maternels postnataux qui façonnent de manière distincte le développement social des fils et des filles en fonction de l'âge et du rang de la mère.